德国申根国家吗？
德国确实是申根国，不过和大多数的欧洲的国家一样，在边境有海关检查（和欧盟外的地方还是有区别嘛）所以如果你是在欧洲内部移动的话（从德国到法国再到意大利甚至奥地利等等)是不用再次办理签证的！但是如果离开大陆进入台湾或者日本甚至是美国那就另当别论了哈 ！
另外补充一点，只要你的第三国签证是有效期的或者在停留期都是没有问题的.例如你是10月1号去的日本，那么你在日本的停留期就是10月31号。如果你的第三国签证有效期是到12月31号的，那么你完全可以在9月份就返回德国，因为签证的有效期和停留期都是有天数限制的，但是必须在签证的有效期内回到申根区域。否则你只能在边境海关等待……
至于题主所担心的护照问题如果是因为护照过期或是丢失，先去当地公安局挂失补证件，然后去大使馆申请新护照（一定要在大使馆！不要在当地申请哦），然后拿新护照和新签证就去出入境办手续吧！