我遇到过同样的问题！ 2015年6月份，我护照到期在东京办理延期的时候，被告知因多年前护照上的照片与现在的长相出入太大，无法办理！当时也赶上了日本入管局改革，电子签名使得每一张签证都有唯一性，再次申请基本无望（后来经过多次沟通才办成）。 当时的情况是如果回国重办护照加签注再回来，估计得一年半载；如继续留在日本则可以通过办理居住证明、社保证明、在职证明以及身份证等证件先办理延期，但是得面临每年出境限制的问题，而且每次出入境都要申报使用期限。
我的情况比较特殊，因为在留期间还有三个月的免许金卡（驾照），因此还曾经想过以旅游方式入境然后办理注销，但被告知这种情况原则上不予批准.... 最后还是通过公司出面帮助申请，才终于解决。 所以楼主还是早点想办法处理好，免得影响日后出国。
文选英优质答主在日本，护照过期了需要按照以下步骤进行操作：
1. 确定是否需要紧急旅行：如果你的护照有效期已经接近到期，而且你计划在近期内进行国际旅行，那么请暂缓前往签证服务处办理新护照。由于护照有效期一般是必须在最低6个月以内，你应该在开始计划下一次旅行之前处理护照问题。
2. 预约签证服务处：你可以在日本的任何一个领事馆、大使馆或者签证服务处进行预约。如果你在网上无法预约，可以直接打电话进行预约。注意，预约时需要提供你的全名和护照号码。
3. 准备所需材料：在日本换发护照需要以下材料：
- 填写好的护照申请表（在日本的签证服务处可以免费获得并填写）
- 销毁原护照的声明（表格提供的样本）
- 你的现有日本护照（过期或即将过期）
- 你的有效日本居留许可（如果是留学生，需要提供“在留卡”）
- 一张近期的照片（4cm x 3cm，纯色背景，最近三个月内拍摄）
- 你的身份证明（如身份证件、户口本等）
- 填写好的邮寄申请材料的手写草稿（如果你选择邮寄申请）
4. 提交申请：你可以亲自将申请材料提交到指定的服务处，也可以邮寄。如果你选择邮寄，请确保在信件上写明你的全名和护照号码，以便快速处理。
5. 领取新护照：在提交申请后的1-2周内，你将在指定的签证服务处或者通过邮寄收到新的护照。此时，你的旧护照将被注销并退还给你，以供参考（一般用于身份查验，虽然过期但仍有法律效力）。
注意事项：办理新护照一般免费，但可能因地区和具体情况而异。建议在办理过程中妥善保管所需材料，以避免不必要的麻烦。
